Запрета нет. Счет-фактура может быть выставлен в электронном виде и подписан ЭЦП (остается у продавца). А экземпляр покупателя может быть ввыстаавлен на бумажном носителе и подписан собственно-ручной подписью.
Мы рекомендуем установить такой порядок в учетной политике для целей налогообложения.